农村宅基地上的房屋所有权公证，应该遵从以下流程和步骤：
1、提交公证申请。
当事人向有管辖权的公证处提出申请，填写申请表，并提交宅基地证书和房屋权属证书、个人身份证件及其他相关材料。2、公证事项的受理。公证处对当事人的公证申请，经审查符合公证条件的，予以受理。
3、缴纳公证费用。按照公证处提供的收费标准，缴纳公证费用。
4、公证事项的审查。公证员在受理公证的同时，必须对当事人提交的材料进行审查，发现不完备或有疑义的，应通知当事人作必要的补充，公证处也有权对交易双方进行调查。
5、出具公证书。公证处经审查认为符合公证条件的，应当出具公证书。公证书按司法部门规定或批准的格式制作，自签署之日起生效。公证行为会产生证据上的效力，经公证的事项，可以直接作为证据使用。